Una vez consumada la conquista en la denominada provincia de los Izalcos, a mediados del siglo XVI, varias familias de españoles se asentaron en las tierras de los nativos. La zona era rica en recursos, ya que en ella se cultivaban el cacao y el bálsamo negro, que pronto comenzaron a exportarse. Sin embargo, los asentamientos de los españoles y la explotación de la tierra se desarrollaban sin orden alguno, lo que provocaba no pocos altercados. Por esa razón, las leyes de la corona española prohibían que los peninsulares convivieran con los naturales.⁶

El año 1552, y por iniciativa del mercader Antonio Domínguez junto a otros individuos con sus respectivas familias radicadas en las orillas del río Grande de Sonsonate, fue solicitada la fundación de la villa del Espíritu Santo ante el alcalde mayor de Acajutla, Gonzalo de Alvarado. Autorizada la petición, se realizaron los respectivos trazos para erigir la pequeña urbe.

Para 1553, era alcalde mayor de Acajutla don Francisco del Valle Marroquín. Este personaje, junto al alcalde de la ciudad de Santiago de los Caballeros, Juan de Guzmán, procedió a retirar a los peninsulares de los poblados indígenas, a pesar de los reclamos subsiguientes. Sin embargo, los intereses irreconciliables de los nuevos colonos obligaron a buscar otro asiento, el cual fue establecido probablemente el 28 de mayo, y que tuvo como su principal promotor a la Orden de Santo Domingo.⁷ Además, el obispo de Guatemala, Francisco Marroquín, ordenó el cambio del nombre a «Villa de la Santísima Trinidad de Sonsonate».