Esta población fue fundada en tiempos de la época precolombina por tribus lencas, pero a fines del siglo XV fue sometida por pipiles procedentes de Cuzcatlán. En 1550 tenía unos 600 habitantes. El alcalde mayor de San Salvador, don Manuel de Gálvez de Corral, escribió en 1740 que San Juan Chalatenango tenía unos 125 habitantes, pues contaba con 25 indios tributarios o jefes de familias. En 1770, según el arzobispo don Pedro Cortés y Larraz, era cabecera del curato de su mismo nombre que comprendía a los pueblos de Arcatao, Concepción Quezaltepeque y Techonchogo (hoy San Miguel de Mercedes), más 56 haciendas con prósperos valles y aldeas.

A la llegada de los españoles según Will Fowler, Chalatenango estaba habitado por tres etnias, pipiles, chortís y lencas, desafortunadamente no existe suficiente evidencia para validar la hipótesis de heterogeneidad de la zona, por otro lado no significa negar la posibilidad de existencia de dos o más grupos distinto en el mismo territorio. Sin embargo existe evidencia arqueológica y lingüística que demuestra que la zona oriental del río Lempa estaba habitada por una agrupación heterogénea de pueblos lencas, xinca, pocomanes, chortís y matagalpas. (Hayden White 1973, citado por Paul Amaroli 1991).

El 16 de febrero de 1847 se concedió al pueblo el Título de villa, otorgada en reconocimiento a los importantes servicios prestados en el proceso de la independencia y en la contienda armada de 1827 a 1829 que cumplió con el restablecimiento del orden constitucional en Centroamérica.